清水山城は、1591年に宗義智によって築城されたと考えられている山城です（毛利高政が築城したとの説もあり）。
豊臣秀吉の唐入り（大陸進出）に際して、本営の名護屋城がある波戸岬と朝鮮半島の釜山との中間にある対馬に、秀吉の命を受けて築かれました。朝鮮出兵（1592年～1598年）の中継基地として機能しましたが、秀吉が死亡して遠征軍が帰還すると存在意義を失い、廃城となりました。
厳原港の北にあって壱岐～対馬の海上を見渡す清水山に築かれた総石垣の山城で、頂上の一の丸から南東の稜線沿いに二の丸と三の丸を配し、それらの間を石塁で繋いでいます。多くの武将の協力を得て突貫工事で築城されており、石垣の造営にも不統一が見られます。
現在では登山道が整備されており、石垣が遺構として残されています。
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